Pada tahun 1968. P. Bakker SJ mulai mendirikan SD. Pada tanggal 17 Desember 1968, Sr. Proplnsial PI menuqaskan Sr. M Theresia Pi untuk menangani karya pendidikan di Cililitan. sebagai Kepala SD. Dengan bertambahnya jumlah murid perlu dipikirkan untuk menata status sekolah. Bpk. Uskup Jajaseputra SJ menganjurkan agar sekalah katolik yang ada di paroki st. Robertus Bellarminus menggabungkan diri dengan Perkumpulan Strada milik KAJ. Anjuran diterima

Tahun 1972 Sekolah katolik dibawah paroki ini melepaskan diri dari Perkumpulan Strada pada tanggal 15 April 1972 berdiri sebuah Yayasan dengan nama Yayasan Santo Markus Penginjil yang diketuai oleh Bpk Peter Bambang Pujiwo untuk rnenqelola sekolah katolik di Paroki St. Robertus Belarminus. Jumlah murid pada saat berdirinya Yayasan Santo Markus adalah 609 siswa.

Pada tahun 1979 Yayasan mendapar bantuan 1 unit gedung inpres dari Pemda DKI. Maka dibangun 1 unit gedung SD. Pada tahun 2004 gedung SD dibangun menjadi 2 lantai hingga sekarang