Karya pendidikan Santo Markus tidak bisa lepas dari peran Romo Robertus Bakker SJ. Kala itu, di awal tahun 1960, Romo Bakker berkarya di Paroki St Servatius Kampung Sawah, Bekasi. Ia diminta Uskup Agung Jakarta saat itu, Mgr Adrianus Djajasepoetra SJ untuk merintis pendirian paroki baru di daerah Cililitan.

          Romo Bakker melihat bahwa keberadaan lembaga pendidikan sangat dibutuhkan umat dan masyarakat di sekitar Cililitan.Lembaga pendidikan ini juga bisa menyemai benih pendirian paroki baru.Atas dasar itu, maka sekolah Santo Markus hadir di lingkungan Cililitan. Beliau sangat peduli dengan pendidikan dan ingin anak-anak dari keluarga katolik mendapat pendidikan katolik yang tepat. Bagi Romo Bakker, pendidikan adalah kebutuhan yang mendasar bagi setiap anak. Keinginan dan impian Romo Bakker didukung oleh lingkungan sekitar Cililitan.Masyarakat ingin anak-anak mendapat pendidikan yang baik pada wadah yang tepat.

          Pada 1967, mulai dirintis sekolah Taman Kanak-kanak (TK) di Cililitan.Karya pendidikan ini dikelola para Suster Penyelenggaraan Ilahi (PI).Sr Inigo PI menjadi kepala sekolah pertama.Sekolah ini terletak di gang kecil, di Jalan Kelapa Gading III, Cililitan.Sarana pendidikan pun masih amat minim.

          Setahun berselang, Romo Bakker menyewa sebuah rumah di samping TK, untuk memulai pendidikan Sekolah Dasar.SD ini untuk menampung anak-anak yang telah menyelesaikan TK, serta untuk anak-anak di sekitarnya. Pada 17 Desember 1968, Sr.Ildefone,PI sebagai Provinsial menugaskan Sr M. Theresia PI dari komunitas Dwiwarna untuk turut membantu Romo merintis sekolah SD. Sr.Theresia menjadi kepala sekolah SD St.Markus yang pertama.

          Pada 1969, kegiatan belajar-mengajari TK dan SD terpaksa dipindah ke sebuah rumah kayu, lantaran akan dibangun gedung sampai jenjang pendidikan SMP.

          Tangan Tuhan terus menyertai karya ajaib ini.Gedung sekolah yang pertama berdiri adalah gedung SD sebanyak 12 unit ruang kelas.Perjuangan Romo Bakker mendapat ijin dari pemerintah dimulai pada tanggal 17 April 1968.IMB gedung sekolah SD keluar pada tanggal 0 Desember 1969. Bersamaan dengan turunnya IMB, SK Guberrnur DKI bernomor : da/1/27/59/1969 yang isinya tentang dispensasi pembangunan dari 20% menjadi 40% dari luas tanah turun. Proses pembangunan gedung sekolah dipercayakan kepada Bp.Goyan dari Kampung Sawah yang telah berpengalaman dalam pembangunan dengan biaya murah.

          Perkembangan sekolah yang baru saja didirikan semakin pesat.Jumlah murid semakin bertambah, sehingga perlu dipikirkan untuk menata situasi sekolah.Romo Bakker menawarkan kepada Suster PI untuk mengambil alih sekolah tersebut.Suster Provinsial menolak tawaran tersebut, karena sejak awal Tarekat suster PI hanya membantu dalam pengelolaan dan bukan untuk memilikinya.

          Bapak Uskup, Mgr Djajasepoetra menyarankan agar lembaga pendidikan ini bergabung dengan Perkumpulan Strada milik Keuskupan Agung Jakarta demi kelancaran proses belajar-mengajar. Anjuran ini pun diterima dengan baik, namun tak berlangsung lama.

          Bergabung dengan Perkumpulan Strada hanya berlangsung selama tiga tahun.Pada 1972, lembaga pendidikan ini melepaskan diri dari Perkumpulan Strada, dan pada 15 April 1972 didirikan Yayasan Santo Markusdan disahkan oleh Notaris H. Gewang SH dengan akte No.10 tanggal 05 April 1972. Yayasan ini dimaksudkan untuk mengelola sekolah Katolik di Paroki Cililitan dan peningkatan kualitas sekolah.Dengan berdirinya badan hukum Yayasan Santo Markus, maka dimulailah mengurus ijin-ijin yang diperlukan untuk operasional.Yayasan diketuai seorang awam, Peter Bambang Pujiwo.

          Jumlah murid pada saat berdirinya Yayasan Santo Markus sebanyak 609 anak.Pada tahun 1973 SD dan SMP Santo Markus mengikuti ujian untuk pertama kalinya dengan hasil 100% lulus.Sungguh suatu prestasi yang sangat membanggakan di tengah sarana prasarana yang masih sangat minim.

          Mulai Februari 1975, Yayasan membangun gedung TK dan Poliklinik.Peletakan batu pertama dipimpin oleh Pastor Pollman SJ.Tahun 1976 Yayasan Santo Markus mendapat bantuan dari Pemda DKI, maka dibangunlah gedung SMP satu unit dan selesai pada tahun 1977.Tahun 1979 Yayasan mendapat bantuan satu unit gedung inpres dari pemda DKI, maka dibangunlah gedung SD dengan dua lantai standar DKI.

          Banyak umat katolik daerah Pondok Gede yang menyekolahkan anaknya di sekolah Santo Markus Cililitan.Hal ini membuat sekolah kekurangan ruangan.Maka kegiatan belajar mengajar berlangsung sore hari.Melihat hal tersebut, maka pihak Yayasan mengarahkan pandangan ke Pondok Gede.Pada tahun 1980, Pengurus Yayasan yang dipimpin oleh Bpk. Dr.Ign.Hariyanto mengadakan survey di daerah Lubang Buaya dan sekitarnya untuk mencari lahan yang cocok sebagai pengembangan sekolah Santo Markus di wilayah Lubang Buaya.Akhirnya Yayasan berhasil membeli tanah sawah seluas kurang lebih 5.000 m2 dari warga asli.

        Pada tanggal 08 April 1988 dengan SK No.976, Gubernur DKI memberi ijin kepada Yayasan Santo Markus untuk menggunakan tanah di Lubang Buaya bagi sarana pendidikan dengan luas 15.000 m2.IMB untuk gedung TK dan SD turun pada tahun 1989.Sedangkan IPB TK dan SD keluar pada tahun 1990.Maka pada masa kepengurusan Dra. Yoke Widya Siagian, dimulailah penerimaan murid baru di sekolah Santo Markus II Lubang Buaya, yaitu pada tahun ajaran 1990/1991.Untuk TK diterima 36 murid, sedangkan SD diterima 126 murid (untuk kelas I – II – III-IV). Murid-murid yang berasal dari daerah sekitar Taman Mini, Kampung Ceger, Cipayung, Lubang Buaya dan Pondok Gede yang bersekolah di Santo Markus Cililitan dipidahkan ke sekolah Santo Markus Lubang Buaya.

          Tahun 1993 mulai menerima murid SMP untuk kelas I sebanyak 70 murid.Berhubung gedung SMP belum ada, maka murid SMP masuk siang hari (pukul 13:00).Gedung SMP mulai dibangun pada tahun 1995 dan selesai dalam waktu satu tahun. Tahun ajaran 1996/1997 gedung SMP sudah bisa dipakai untuk proses belajar mengajar. Pemberkatan gedung oleh Pastor Petrus OMI yang menjadi Pastor Kepala (calon) Paroki Kalvari.

Dengan bertambahnya jumlah murid, maka pada tahun 2005 dibangun gedung untuk TK sehingga siswa dapat lebih nyaman belajar.

          Memasuki tahun 2002, Yayasan Santo Markus mulai membenahi diri dari mulai gedung, sarana prasarana dan juga SDM.Pada tahun 2003 gedung SMP mulai dibangun dengan peletakan batu pertama oleh Romo SP Bambang Ponco Santoso SJ sebagai Kepala Paroki St.Robertus Bellarminus, dan diresmikan pada tahun 2004. Hingga saat ini terus melakukan pembenahan dan penambahan sarana prasarana untuk menunjang proses belajar mengajar yang lebih baik.

          Untuk memberikan arah yang lebih nyata dan sesuai dengan cita-cita para pendiri, pada tahun 2004 dibuatlah visi misi Yayasan Santo Markus, sekaligus mengganti logo yang lama menjadi logo yang baru. Kemudian disusul dengan dibuatnya Mars Santo Markus oleh Romo Ponco Santoso SJ yang mampu menggugah dan menimbulkan rasa cinta dan kebanggaan sebagai warga Santo Markus terhadap sekolah.

          Sampai saat ini, sekolah Santo Markus masih tetap ada dan berkembang dengan pencapaian prestasi yang dibuat oleh peserta didik dalam berbagai kompetisi dan perlombaan baik di TK, SD, maupun SMP.